В качестве систем управления для фанкойлов предлагаются различные типы выносных и встраиваемых пультов управления термостатного типа с регулированием температуры за счет управления вентилятором и/или водяными клапанами.
Контроллеры подбираются в зависимости от требуемых функций управления, модели фанкойла и типа обработки воздуха (2-х трубные, 2-х трубные/2-х проводные, 4-х трубные системы).
